因為市場上面的掃描式電子顯微鏡并不是由一個廠家所生產的，所以也就會有很大的差異，那么市場上面的這種儀器會有哪些方面的差異呢？
　　穩定性差異
　　對于這種檢測和分析儀器來說，首先就需要有很好的穩定性，只有讓它在整個穩定性之下，才會有更好的數據準確性，如果是一個儀器在使用中沒有穩定性，也就用戶難對它進行相信，這樣也就失去了儀器使用中的價值，當然，想要讓這種儀器有很好的穩定性，也就要讓它的生產中有多方面的提高，一者是在生產中有更好的內部零件的質量，而且也需要有整個儀器上的系統協調性。
　　功能性差異
　　其實，在對這種儀器的使用中，也是會有它的功能性不同的，有些儀器能用到所有的失效分析上，但是也有的儀器就不能全方面適應，這也就是它在過程中會有本身的功能性差異，除了上面所說的之外，再有就是在它的使用中也會有本身的分析上的系統性，有些儀器只能對樣品片面地分析分析，不能達到更為全面的適應。
　　方便性差異
　　雖然這種儀器在生產中會有很多個方面的穩定，但是也會有設計上的不同，有些是在過程中連接電腦上相對麻煩，還有的會在過程中有很大的體積，更有的會在操作系統上不符合操作習慣等等，這樣也都會對儀器的方便性造成很大的影響，因此，對于它的這一點使用來說，也就需要讓用戶有更好的注意，只有讓它有很好的生產時的設計，或者是有更好的科技含量，才會讓儀器有方便性優勢。
　　因此，對于整個儀器來說，不同的廠家會有不同的產品定位，也會在生產中有不同的實力及條件，所以就會讓這種儀器有很大的差異。